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Questa piccola chiesa, posta in mezzo al cimitero è probabilmente la parte absidale di una costruzione più vasta che si voleva costruire come ex-voto e in ricordo dei cuggionesi defunti nelle varie pestilenze.
Non si conosce esattamente l'epoca nella quale iniziarono i lavori. Comunque, il 16 novembre del 1684 fu concesso il permesso per celebrare la Messa.
Fu soprattutto "la peste di S. Carlo" a infierire su Cuggiono, facendo morire 68 persone (a quel tempo, il 10% della popolazione).
In origine, non si era sicuri che fosse peste; l'allarme fu dato solo successivamente, e si parlò delle "gabbane", cioè le capanne che formavano il Lazzaretto.
Forse era ancora in piedi nel 1684, quando fu inaugurata la chiesetta in onore di S. Carlo.
A Cuggiono, la prima domenica di settembre è la "Festa del Cimitero", che andrebbe chiamata "Festa del Lazzaretto", che probabilmente fu fissata proprio nella ricorrenza, in quei giorni durante i quali il Lazzaretto di Cuggiono cominciò a funzionare.
